از مزایای چک الکترونیک می‌توان به سرعت زیاد در ثبت و پردازش چک‌های الکترونیکی، عدم نیاز به ارسال نسخه فیزیکی چک، حذف نگرانی افراد در خصوص ثبت چک در سامانه و امنیت بالا و عدم امکان سرقت یا تحریف چک اشاره کرد.